これに対し，延長登録された特許権の効力範囲における実質同一は，特許権の効力範囲を画する概念である。前記のとおり，①法６８条の２の規定は，特許権の存続期間の延長登録の制度が，政令処分を受けることが必要であったために特許発明の実施をすることができなかった期間を回復することを目的とするものであることに鑑み，存続期間が延長された場合の当該特許権の効力についても，その特許発明の全範囲に及ぶのではなく，「政令で定める処分の対象となつた物（その処分においてその物の使用される特定の用途が定められている場合にあつては，当該用途に使用されるその物）」についての「当該特許発明の実施」にのみ及ぶ旨を定めるものであり，②医薬品の成分を対象とする物の特許発明の場合，法６８条の２によって存続期間が延長された特許権は，具体的な政令処分で定められた「成分，分量，用法，用量，効能及び効果」によって特定された「物」についての「当該特許発明の実施」の範囲で効力が及ぶと解するのが相当であるものの，③これらの各要素によって当該特許権の効力範囲が画されるとしても，これらの各要素における僅かな差異や形式的な差異によって延長登録された特許権の効力が及ばないとすることは延長登録の制度趣旨に反し，衡平の理念にもとる結果となるから，これらの差異によっても，なお政令処分の対象となった医薬品と実質同一の範囲で，延長された当該特許権の効力が及ぶと解すべきである。
したがって，延長登録された特許権の効力範囲における「成分」に関する差異，「分量」の数量的差異又は「用法，用量」のうち「効能，効果」に影響しない数量的差異に関する実質同一は，当該特許発明の内容に基づき，その内容との関連で，政令処分において定められた「成分，分量，用法，用量，効能及び効果」によって特定された「物」と対象製品との技術的特徴及び作用効果の同一性を比較検討して，当業者の技術常識を踏まえてこれを判断すべきであり，これを離れて，医薬品としての有効成分や治療効果（有効性，安定性）のみからこれを論じるべきものではない。少なくとも，法６８条の２が，およそ後発医薬品であるが故に，すなわち，先発医薬品と同等の品質を備え，これに依拠するが故に直ちに特許権の効力を及ぼそうとする趣旨のものでないことは明らかである。
しかるに，一審原告の主張は，当該特許発明の内容に関わらず，いわば医薬品としての有効成分や治療効果のみに着目して延長された特許権の効力範囲を論ずるものであり，これは前記のとおりの法６８条の２の制度趣旨や解釈論に反することが明らかであって，採用することはできないというべきである。